אזכור במקרא
בקעת אונו מוזכרת במקרא בספר נחמיה (ו`, 2). על פי המסורת, המקום היה מוקף בחומה בתקופת יהושע. בשנת 445 לפני הספירה התיישב בחבל הפורה שבט בנימין. אונו הוזכרה גם במשנה, וקיים קשר בין שם זה לבין השם כפר ענא, המהווה חלק מאור יהודה, שבאדמתה מצויים שרידים ארכיאולוגיים המעידים על כך שבתקופות קדומות התקיים במקום יישוב.
הכפרים הערביים חירייה, סקיה וכפר ענא נכבשו במבצע "חמץ" במלחמת השחרור על ידי חטיבת אלכסנדרוני. הבתים הנטושים של כפרים אלה שימשו את המתיישבים הראשונים של אור יהודה החל משנת 1949.
שם העיר
העיר נקראת על שם רבי יהודה שלמה חי אלקלעי, יליד יוגוסלביה, ממבשרי הציונות המדינית והדתית-מעשית באירופה במחצית השנייה של המאה ה-19. גרסה אחרת משייכת את השם לחווה חקלאית באיזמיר שבטורקיה, "חוות יהודה" שבה הוכשרו עולים מטורקיה לפני עלייתם ארצה.
העולים הראשונים
לאחר מלחמת השחרור, הגיעו לאור יהודה עולים, כאשר חבר הביא את חברו. ראשוני המתיישבים הגיעו בשנת 1949. היו אלה עולים מטורקיה שעזבו ביוזמתם את מחנה העולים "שער עליה" בחיפה. באותה שנה התיישבו במקום גם עולים מלוב. הם גרו בתנאים קשים, בבתי החימר בכפרים הערביים הנטושים, סקיה וכפר ענא. מים, אגב, הם הביאו בדליים מתל ליטוינסקי (תל השומר כיום).
בשנת 1950, הוקמה המעברה הראשונה, סקיה א`, ובשנים 1953-1950 הגיעו מעיראק, במבצע "עזרא ונחמיה", עולים שהפכו לרוב באוכלוסיית היישוב. הוקמו המעברות סקיה א` ו-ב`, כפר ענא א` ו-ב`, והעולים התגוררו באוהלים וצריפים שצצו כפטריות אחרי הגשם. כל מעברה נוהלה על ידי ועד משלה. בחורף הקשה של שנת 1951/2, פונו הילדים על ידי הצבא אל הבסיס הצבאי תל השומר וכן פוזרו בבתים פרטיים ובקיבוצים.
תעסוקה בעיר
מצב התעסוקה היה קשה. התושבים עבדו בתנאים קשים ובשכר זעום, ועל רקע זה פרצו שביתות. בשנת 1952 נוסד "הוועד המאוחד" של כל המעברות במטרה לשפר את המצב, אך הוא נקלע לקשיים כספיים.
פניות התושבים למשרד הפנים בבקשה להקים רשות מקומית נתקלו בסירוב מכיוון שהיישוב נועד להיות מקום מגורים זמני בלבד. על אף המעבר מאוהלים לצריפונים, התנאים נותרו קשים כפי שהיו, ומשפחות מבוססות ובעלות השכלה עזבו את היישוב ועברו לאזור תל אביב ורמת גן.
אור יהודה - יישוב קבע
בשנת 1955 הוכרזה אור יהודה כיישוב קבע, נבחרה מועצה מקומית ובשנת 1962 הומלצה כשטח תכנון עירוני. בשנות השישים חל שיפור בתנאי המגורים והתעסוקה של התושבים, ורובם עברו להתגורר בשיכונים שהחלו להיבנות על ידי הממשלה (בשנת 1958). הבנייה קיבלה תאוצה והיישוב חובר לכבישים הבין עירוניים של המרחב האזורי.
אור יהודה – עיר ואם בישראל
בשנות השבעים והתשעים נקלטו באור יהודה אלפי עולים מגיאורגיה, בוכרה ומברית המועצות. בשנות השמונים, במסגרת מפעל שיקום השכונות, אומצה אור יהודה על ידי הקהילה היהודית של מילווקי ארצות הברית ומחוז אונטריו בקנדה. כחלק מהפרויקט, הובילה המועצה המקומית מהלך שבו רכשו אלפי משפחות את דירותיהם מעמידר, ובמקביל הפסיקה המועצה את הבנייה של דירות על ידי משרד השיכון. במקום זאת, הורחבו אלפי דירות על ידי הדיירים במסגרת תכנית של המועצה, ומאות דירות הרוסות בשכונות שוקמו לטובת זוגות צעירים. בשנת 1988 הוכרזה אור יהודה כעיר ואם בישראל.
הקמת השכונות החדשות
בתחילת שנות התשעים, נחתם חוזה בין עיריית אור יהודה לחברת "אפריקה ישראל" על בנייה של שכונה חדשה "נווה סביון", שכללה 2,500 יחידות דיור במגוון סוגים. במקביל נבנו מוסדות ציבור רבים כגון היכל התרבות, ספרייה, מרכז מדעים ואומנויות, מרכז מוסיקה ומחול, היכל ספורט, בריכת שחייה, מגרשי כדורגל וטניס ובתי ספר חדשים.
מספר שנים לאחר מכן, החל התכנון ובהמשך הבנייה של שכונה חדשה נוספת, שכונת "נווה רבין" בחלקה המזרחי של העיר. כמו כן, החל פיתוח של מרכז תעסוקה ומסחר חדש, ובדרום העיר נבנה אזור התעשייה "יהלום". בתחילת שנות ה-2000 החלו לפעול באור יהודה מוסדות אקדמיים, כמו המרכז ללימודים אקדמיים ושלוחה של הקריה האקדמית אונו.
בשנת 2007, בעקבות פירוקה של המועצה האזורית אפעל שנקלעה לקשיים כלכליים, סופחה רמת פנקס לאור יהודה והפכה לשכונה מן המניין בעיר.
כיום: השקעה בחינוך ובשדרוג התשתיות
במהלך השנים האחרונות משקיעה עיריית אור יהודה במגוון תחומי החיים, ובעיקר בתחום החינוך, אותו היא רואה כמפתח לקדמה. בעקבות החתימה על הסכם הגג, ישודרגו כל מוסדות החינוך בעיר, גינות ציבוריות ופארקים, תשתיות ביוב שהוזנחו במשך עשרות שנים וכבישים. לצד ההשקעה בשכונות הוותיקות, מקודמות בנייתן של שתי שכונות חדשות בעיר: "בית בפארק", השכונה מצפון לכביש 461, ו"פארק איילון", השכונה המהווה את המשכו של נחל איילון.
כמו כן, העירייה הקימה מנהלת התחדשות עירונית שמטרתה לקדם את ביצוען של תכניות פינוי-בינוי ותמ"א 38 לצורך שדרוג המבנים הישנים בשכונות הוותיקות, ולאפשר לתושביה איכות חיים ברמה הגבוהה ביותר.